一、个人所得税法设计了经营所得来消化包容个体户、独资合伙企业。
《个人所得税法实施条例》第六条第一款第五项第一目：
第六条个人所得税法规定的各项个人所得的范围：
(五)经营所得，是指：
1.个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得。
二、个人所得税法体系消化包容个体户、独资合伙企业的历史沿革
(一)1994年税制改革时的三税合一
《全国人民代表大会常务委员会关于修改<中华人民共和国个人所得税法>的决定》(第八届全国人民代表大会常务委员会第四次会议)：
本决定自1994年1月1日起施行。1986年1月7日国务院发布的《中华人民共和国城乡个体工商业户所得税暂行条例》和1986年9月25日国务院发布的《中华人民共和国个人收入调节税暂行条例》同时废止。本决定施行前制定的其他有关个人所得税的行政法规的内容与本决定相抵触的，以本决定为准。
《中华人民共和国个人所得税法》根据本决定作相应的修正，重新公布。
(二)2000年开始对独资合伙企业停征企业所得税
《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发〔2000〕16号)：
自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
三、针对自然人的个人所得税无法完成消容个体户、独资合伙企业的任务
(一)独资合伙企业是组织，不是自然人。
1、《民法典》中，作为非法人组织的独资合伙企业其实是参照法人处理的，没有自然人的特性。
《民法典》(和现行的《民法总则》规定一致)中的相关目录、条款：
第一编 总则
第三章 法人
第一节 一般规定
第四章 非法人组织
第一百零八条非法人组织除适用本章规定外，参照适用本编第三章第一节的有关规定。
2、合伙企业同时适用《企业所得税法》和《个人所得税法》
《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)：
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国个人所得税法》有关规定，现将合伙企业合伙人的所得税问题通知如下：
二、合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
3、合伙企业法规定的其他所得与个人所得税法的所得项目出现逻辑混乱
《合伙企业法》：
第六条合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。
4、独资合伙企业有自己的独立个人所得税制度
(1)《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》(财税[2000]91号)：
第三条个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称投资者)。
(2)《个体工商户税收定期定额征收管理办法》：
第二十五条个人独资企业的税款征收管理比照本办法执行。
(二)个体户更象组织
1、个体工商户在《民法典》中是非常特殊的自然人
《民法典》(和现行的《民法总则》规定一致)中的相关目录
第一编总则
第二章自然人
第一节民事权利能力和民事行为能力
第二节监护
第三节宣告失踪和宣告死亡
第四节个体工商户和农村承包经营户
2、工商管理中认为个体工商户是一个组织而不是自然人。
(1)工商行政管理总局令第63号《个体工商户登记管理办法》：
第八条组成形式，包括个人经营和家庭经营。
家庭经营的，参加经营的家庭成员姓名应当同时备案
(2)工商行政管理总局令(第38号)《个体工商户名称登记管理办法》：
第十条个体工商户名称组织形式可以选用‘厂’、‘店’、‘馆’、‘部’、‘行’、‘中心’等字样，但不得使用‘企业’、‘公司’和‘农民专业合作社’字样。
3、税收管理中也认为个体工商户是组织而不是自然人。
(1)《征管法》：第十五条企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)
注意：和个体工商户并列的是事业单位、企业这些法人组织。下面的规定里，把自然人单独列出来。
(2)《征管法实施细则》：第十二条从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照之日起30日内，向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记，如实填写税务登记表，并按照税务机关的要求提供有关证件、资料。
前款规定以外的纳税人，除国家机关和个人外，应当自纳税义务发生之日起30日内，持有关证件向所在地的主管税务机关申报办理税务登记。
4、个体户有一套独立的个人所得税制度
(1)《国家税务总局个体工商户个人所得税计税办法》(国家税务总局令第35号)：
第四条个体工商户以业主为个人所得税纳税义务人。
(2)《个体工商户税收定期定额征收管理办法》：
第三条本办法适用于经主管税务机关认定和县以上税务机关(含县级，下同)批准的生产、经营规模小，达不到《个体工商户建账管理暂行办法》规定设置账簿标准的个体工商户(以下简称定期定额户)的税收征收管理。
四、现行个体户、独资合伙企业所得税制度漏洞大，争议点多。
以前我公众号中分析过很多，这里不在细说。读者如有兴趣可以向前翻阅。
简单列一下观点：
严格法律意义上，个体工商户不需要缴纳所得税了。
经营所得的存在，可以和其他各类所得随意调整。
合伙企业法规定的其他所得、生产经营所得，可以和个人所得税法的所得类型任意对抗。
五、完善的思路
(一)消化包容历史的评价
1、1980年版的《个人所得税法》与《个人收入调节税暂行条例》的融合非常好，目前的税法体系中，丝毫看不出不协调的迹象。
原因主要是，它们都是针对自然人设计的。
(1)《个人所得税法》(1980)：
第一条在中华人民共和国境内居住满一年的个人，从中国境内和境外取得的所得，都按照本法的规定缴纳个人所得税。
不在中华人民共和国境内居住或者居住不满一年的个人，只就从中国境内取得的所得，缴纳个人所得税。
(2)《个人收入调节税暂行条例》：
第二条在中华人民共和国境内有住所，取得个人收入的中国公民，都是个人收入调节税的纳税义务人(以下简称纳税人)，都应当按照本条例规定缴纳个人收入调节税。
2、个体工商户和独资企业消化包容不理想，主要是因为它们过去是针对组织的所得税，不是针对自然人设计的。
(1)《城乡个体工商户所得税暂行条例》：
第一条凡从事工业、商业、服务业、建筑安装业、交通运输业以及其他行业，经工商行政管理部门批准开业的城乡个体工商业户，都是城乡个体工商业户所得税的纳税义务人(以下简称纳税人)，都应当依照本条例的规定缴纳所得税。
(2)《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发〔2000〕16号)：
自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税。
(二)完善的几个思路
思路一：
从国发〔2000〕16号文件看，为公平税负，支持和鼓励个人投资兴办企业，促进国民经济持续、快速、健康发展
对独资合伙企业停征企业所得税，更象是企业所得税优惠。
在个体工商户、独资合伙企业独自的个人所得税制度体系中，它们更象是按照企业所得税的理念设计税制。
因此，可以考虑把它们设计进企业所得税法体系，并规定免税。
然后，再在个人所得税体系中规定专门的征税制度。
可以较好解决逻辑矛盾的问题。
思路二：
设立单独的个体工商户、独资合伙企业的所得税制度。
思路三：
继续完善现行税制。
