清代在全国建立行省制度，由各省督抚职掌军政事务。自康熙以后，大清分为18个行省（光绪之前)，照例设督抚主管地方事务。值得提出的是，这18个省并不包括内蒙古、外蒙古、新疆、西藏以及青海等少数民族地区，那么，这些地方又是如何管理的呢？
1，内蒙古
内蒙古八旗驻防设察哈尔驻防都统、副都统，热河驻防都统，归化城副都统。各属设有总管、副参领、佐领、骁骑校等。内蒙古地区除驻防八旗所辖各部外，有科尔沁等二十四部四十九旗，各部旗内由皇帝封赠亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等爵。
>参赞大臣（科布多参赞大臣）
各旗之下设札萨克为旗长，掌一旗之政令，协理台吉二至世人辅佐。各旗设管理章京、副章京及参领、佐领、骁骑校等。旗的组织之上设盟，置盟长、副盟长及帮办。内扎萨克之事，归理藩院旗籍司和王会司职掌。
2，外蒙古
外蒙古之驻防八旗，设立乌里雅苏台定边左副将军（简称乌里雅苏台将军）及所属参赞大臣两人；又设有科布多参赞大臣及办事大臣，库仑办事大臣及帮办大臣。所属各部设有总管、参领、佐领、骁骑校等。外蒙古喀尔喀等部亦受爵封，有汗、亲王、郡王、贝勒等。各旗亦设札萨克、协理台吉等。外札萨克之事，归理藩院典属司和柔远司职掌。
3，新疆
新疆之驻防八旗，设伊犁将军，统辖新疆南、北两路之军政。置乌鲁木齐都统、哈密办事大臣及帮办大臣、塔尔巴哈台副都统、喀什噶尔参赞大臣及协办大臣、叶尔羌办事大臣及协办大臣、和阗办事大臣、阿克苏办事大臣、乌什办事大臣及协理大臣、库车办事大臣、喀喇沙尔办事大臣等。其下辖有领队大臣、总管、副总管及协领、佐领、骁骑校等官。
新疆回部职官：新疆地区除伊犁将军，塔尔巴哈台副都统等直接管辖的各部旗外，最早内附之哈密、吐鲁番二部及天山额鲁特之五部十三旗依蒙古官制，其余各部均依回部旧制，设“伯克”分管各回城。新疆回部各官，以总理回务札萨克郡王一人及协理图撒拉克齐二人统领，以下分设阿奇木伯克、伊什罕伯克等三十二种伯克，从三品至七品，设于各回城，分掌各项事务。新疆回部事务，归理藩院徕远司职掌。
4，西藏
西藏以住藏大臣管理，设帮办大臣佐之。宣统二年改置左右参赞各一人，以左参赞监督三埠通商事宜。其属员有粮员、通事等。所统率的驻防兵为绿营，置游击以下各官兵，分驻前后藏及沿边粮台。
此外，西藏的统治方式为政教合一，达赖、班禅掌全藏之政令，其下有呼图克图、沙布隆等活佛及堪布住持庙宇；又有僧官，如国师、禅师、札萨克大喇嘛等等。西藏地区事务，归理藩院典属司和柔远司职掌。
5，青海
青海以西宁办事大臣驻扎，管理青海蒙古事务。青海各部亦受爵封，其设官亦如同内、外蒙古，亦建有盟，但不设盟长，会盟时由西宁办事大臣主持。
6，各省之少数民族聚居地区
在四川、甘肃、云南、贵州、广西、湖南等省内，有众多的少数民族聚居地区。对这些地区，清统治者亦依特别区进行管理，保留了明代土司世袭制度，设置“土官”予以世袭。
土官文职有土知府、土同知及以下各官；武职有指挥使、指挥同知、指挥佥事及宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官司长官、长官司副长官，以至千户、百户及百长等。文、武职各土官，分隶于吏部及兵部，均受该省督、抚、大臣及所属府、厅、州、县官的管辖。
自康雍以后，为消除地方土司割据的局面，逐步实行“改土归流”，分派州、县官代替土司，加强了中央对这些少数民族聚居地区的统治。
