1864年7月，湘军向围困了数月之久的太平天国的都城天京发动了最后的猛攻，城破之前天王洪秀全病逝，忠王李秀成眼看大势已去，极力保护幼天王洪天贵福突围，逃亡途中，洪天贵的马摔坏了，李秀成将自己的马让他骑。结果很不幸，他被俘虏了。
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>李秀成（李秀成投降了为何还被杀）
李秀成被擒后，为了太平天国的“复兴梦”，他在狱中写下了数万字的《自述书》，述说自己参加革命之具体经过，以及太平天国之成败得失，最后把矛盾指向西方列强，指出洋人才是中华最大的隐患。
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令人称奇的是，李秀成在《自述书》中对天京事变进行了详细的描述，李秀成指出“天京事变”的爆发，就是因为杨秀清太过嚣张，目中无人，甚至连天王洪秀全都不放在眼里。洪秀全在忍无可忍的情况下，密令“首义五大王”的韦昌辉、石达开两大天王回京，商议诛杀杨秀清之事。并一语道破韦昌辉诛杀东王殿2万人之谜团。先来看这段原文：“翼与北王密议，杀东一人，杀其兄弟三人，原清辅清而已，除此以外，俱不得多杀。”
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意思就是说，可见洪秀全当时还是相当理智，不想因诛杀太多而让太平天国元气大伤，给清廷可乘之机。让韦昌辉和石达开只杀杨秀清、杨辅清、杨原清3人便可，不得滥杀无辜。
而在诛杀东王杨秀清这件事上，北王韦昌辉与翼王石达开是盟友，站在同一条线上。当然，洪、韦、石三人的“反杨同盟”到最后却演变成了韦昌辉一人单干，而洪秀全和石达开却“作壁上观”，洪秀全坐镇天王府遥控指挥，而石达开为了不卷入这场内讧，故意迟迟不入京来。
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韦昌辉进城后，箭在弦上，不得不发了，无奈之下，只好拉拢了一个人——燕王秦日纲。韦昌辉和秦日纲都被杨秀清杖责过，对杨秀清恨之入骨。两人自然是一拍即合。
然而，结果却并非如此，先入城的韦昌辉，联合燕王秦日纲，率三千精兵杀入东王府后，在诛杀杨秀清的同时，还把东王府上下杀了个人仰马翻，结果有2万多无辜人士死于这次政变。
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太平天国元气大伤，由盛转衰，一步步走向灭亡，再无翻身之可能。那么，明明说好只杀3人，为何最终却诛杀了2万多人呢？
世人把“罪魁祸首”都指向狠毒的韦昌辉。其实，事实并没有客以简单，这后面还有更深层次的原因。
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首先，韦昌辉有苦衷。
在整个东京事变中，洪秀全和石达开都躲在暗处，特别是洪秀全，他并没有公布“诛杨诏书”，斥责杨秀清罪行，承认事变的合法性，而是“暗中”让韦昌辉进行军事行动。这样一来，尽管韦昌辉带兵回京诛杀杨秀清，打着是“奉诏勤王”旗号，是名正言顺的替天行道。但是，杨秀清死后，洪秀全并没有及时公布诏书来，这样一来，韦昌辉就陷入进退两难的境地了，他自己说“奉诏讨贼”，但“罪人”杨秀清伏诛，而洪秀全没有公布诏书，也没有站出来公开表态。单凭韦昌辉一面之词显然是很难服众的。
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其次，杨秀清有“后台”。
杨秀清当然不是一个人，而是代表一个太平天国集团最大的集团——东殿集团。天京事变后，尽管韦昌辉第一时间杀死了杨秀清，但东殿集团的实力还存在，东殿礼部尚书护天侯傅学贤、户部尚书翊天侯吉成子等能调动之在京东殿兵马约6000人。而当时韦昌的兵马才3000人，因为没有天王诏书，韦昌辉诛杀杨秀清属于“不合理”行为，因此，东殿集团必然会反击，一方面为杨秀清报仇，另一方面为了生存。同时，东殿集团里的“二号人物”傅学贤平时仗着杨秀清的权威，嚣张跋扈，甚至连北王、翼王都不放在眼里。而这时，听闻杨秀清已死，傅学贤的反击是必然，否则就只能束手被擒的份了。
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事实上，东殿集团也的确马上采取了行动，他们在傅学贤和吉成子的带领下，利用街垒与韦昌辉3000兵马展开激烈的恶战。因为人数在原因，韦昌辉一度处在下风，情况非常危急。正在这个关键时刻，燕王秦日纲带兵而来，从而帮助韦昌辉扭转了战局，最终反败为胜，将在东殿的6000兵马悉数杀掉，基本控制了天京局势。
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就在韦昌辉大开杀戒时，石达开从武昌洪山大营回京了。其实石达开和韦昌辉的关系应该是非同一般的，据李秀玉的自述书里记载：“翼王在湖北洪山，知到京城害杀许多之人，在湖北洪山营中，同曾锦谦、张遂谋狼狈赶回京都，计及免杀之事。”可见石达开回京竟然只带两人，足以证明他和韦昌辉的私交甚好。
石达开回到天京后，他明明是密谋者之一，却“直斥”韦昌辉：“其下何罪？何得尽戮？无乃自戮手足”，并将杨辅清保护起来，公然站在东王余党一边。
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为此，李秀成在《自述书》所说，“天王亦不悦”，北王也“顿起杀心”，一怒之下，他准备干掉石达开。可惜，石达开早有预防，他连夜缒城而出，跑回安庆号召旧部起来“靖难”，讨伐韦昌辉。
韦昌辉眼看形势危急，索性一不干二不休，血洗翼王府后直接攻打天王府，希望能活捉洪秀全达到“挟天子以令诸侯”之目的。令石达开勤王大军不敢妄动，同时，他把自己的弟弟韦俊从武昌调回的，以扭转不利局势。
结果，韦昌辉的如意算盘落空了。因为他的盟友燕王秦日纲在追击石达开末果后，率军离开天京去“抗清”去了。失去一臂的韦昌辉当然不是洪秀全的对手，最终兵败身死，首级被送到了石达开面前。
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因此，韦昌辉之所以把天京事变极力上纲上线，扩大化，从密议时说好的只杀3人，结果却杀了2万多人，历史上把主责都推到了韦昌辉身上，而实际上，洪秀全没及时公布“诛杨诏书”才是最关键的一步，而石达开随后的“逼宫”让事态进一步恶化。因此，主责第一人应该是洪秀全，而主责第二人是石达开，第三人才是韦昌辉。
