问题
一般纳税人企业(非房地产企业)有大量的期末留抵税额时，销售2016年4月30日(营改增)以前取得的房屋，增值税处理采用一般计税方法没有应纳税额，而采用简易计税方法存在应纳税额。那么，企业是否采用一般计税方法合适?
案例
甲公司是一般纳税人(非房地产企业)，因经营业务等正常原因，有大量的期末留抵税额。至2020年10月底，期末留抵税额为2000万元且该留抵将持续很长时间。
2020年11月甲公司对外销售2009年购入的一栋办公楼。办公楼在企业机构所在地，购入价为1000万元，对外销售价为10900万元。甲公司聘请某中介机构做税收策划，该机构认为销售办公楼采用一般计税方法，没有应纳税额不需要缴纳增值税。因此，建议企业采用一般计税方法。
甲公司采用了中介机构的建议，销售办公楼采用了一般计税方法处理。但是，企业在纳税申报时，被税务机关告知，需要预缴增值税470多万元。
甲公司预缴增值税后，由于企业留抵税额太大，470多万元预缴的增值税要持续很长时间才能从应纳税额中抵减，没能达到税收策划的目的。
分析
甲公司销售办公楼选择一般计税方法，需要在办公楼所在地主管税务机关(即企业主管税务机关)预缴增值税471.43万元((10900-1000)/1.05×5%)，确认销项税额900万元(10900/1.09×9%)。不考虑其他事项，企业的留抵税额为1500万元(2000-500);应纳税额为0元。
采用简易计税方法，需要在主管税务机关预缴增值税471.43万元((10900-1000)/1.05×5%)，缴纳增值税471.43万元。预缴增值税和缴纳增值税一致。不考虑其他事项，企业的留抵税额为2000万元，应纳税额为471.43万元。
可见，该企业采用简易计税方法，在预缴阶段现金流出与一般计税方法相同，但是由于一般计税方法下，税率9%且办公楼没有进项税额，实际缴纳税额为900万元。因此，采用一般计税方法并不合适。
相关规定如下：
《国家税务总局关于发布〈纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法〉的公告》(国家税务总局公告2016年第14号)第三条规定，一般纳税人转让其取得的不动产，按照以下规定缴纳增值税：
(一)一般纳税人转让其2016年4月30日前取得(不含自建)的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。
……
(三)一般纳税人转让其2016年4月30日前取得(不含自建)的不动产，选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5%的预征率向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。
优税智云税务咨询邱晓玲分析：
企业采用一般计税方法适用9%税率，采用简易计税方法适用5%的征收率。如果仅考虑房屋的增值税事项，由于营改增以前的房屋取得的进项税额接近为零，采用简易计税方法要优于采用一般计税方法。
采用一般计税方法，企业销售房屋形成销项税额可以抵减大量的期末留抵税额，企业的应纳税额为零，达到不缴纳增值税的目的。采用简易计税方法将导致现金流出，而一般计税方法企业不会现金流出，表面上看，企业采用一般计税方法优于简易计税方法。
但是，由于企业销售房屋不论是采用一般计税方法还是简易计税方法，均应在不动产所在地预缴增值税。采用简易计税方法，预缴税款和销售房屋的应纳税款一致，不影响企业的期末留抵税额，而采用一般计税方法，虽然可以抵减期末留抵税额，但是企业预缴增值税通过税额抵减方式从企业的应纳税额中进行抵减，考虑到征税率与税率差异、货币时间价值等因素的影响，采用简易计税方法优于一般计税方法。
综上所述，对于一般纳税人企业销售不动产通常优先采用简易计税方法。企业销售旧房选择一般计税方法还是简易计税方法，除考虑应纳税额计算事项，还应考虑预缴增值税的影响。
