秦始皇统一六国战争结束后，在南北边疆地区的战斗仍在进行。当时南有“百越”，北有匈奴，这些少数民族经常骚扰边境，对秦王朝造成一定的威胁。
“百越”泛指我国古代分布于今浙江、福建、江西、广东、广西一带与中原华夏民族不同的少数民族。因为其部族众多，故称“百越”。百越中最著名的一支是于越，分布于今浙江绍兴一带。在春秋时，于越曾建立了历史上有名的越国，战国时为楚国所征服。秦始皇于公元前二二三年灭楚时，将于越地区已并入秦国版图。
此外,还有瓯越,瓯越也叫东越，以温州一带为中心,分布于今浙江南部瓯江流域，闽越，以今福建省福州地区为中心;在今广东、广西一带分布着南越和西瓯。当时，百越大多数还处在原始氏族社会阶段，从事原始的渔猎和原始的农业生产，他们都有“断发文身”的生活习俗，经济和文化都十分落后。
>北击匈奴（北击匈奴南征百越）
公元前二二一年，秦始皇灭掉六国以后，就派尉屠雎率五十万大军向这些地区进攻，展开大规模征服战争。先征服了东瓯与闽越，建置了闽中郡。
秦军在征服百越战争中，百越都退守到深山树林中，秦军很难进攻，尤其是南越和西瓯两支越族部落还进行了顽强抵抗。《淮南子.人间篇》记载说越人皆躲进树林草丛,不肯作秦国的俘虏,并推举杰骏为将领，率越人夜间袭秦军，秦军大败。秦军统帅尉屠雎也被越人杀死，伏尸数十万。
为了增援进攻南越的秦军，秦始皇命史禄自零陵至桂林开了运河，沟通了湘江和漓江，连接了长江水系与珠江水系，长约三十公里。这就是历史上有名的运河工程一一灵渠。灵渠为沟通古代南北交通起了重要作用。
秦始皇通过灵渠输送粮草兵马，经过了好几年的战争，才征服了南越和西瓯，在这里设置了桂林、南海、象郡。公元前二一四年，秦始皇又谪发国内商贾、流亡人、赘婿等和一部分有罪的官吏到三郡之地，从事垦荒和防守，和越人杂居。从此，中国东南及南方都统一到秦王朝的版图之中了。
征服“百越”的战争，损失了大量的人力物力，也给人民带来了一定的灾难。但是秦国把内地人大量迁徙到南方地区，和勇敢勤劳的百越少数民族杂居，并带去了进步的生产工具、生产技术和文化，使他们逐渐在经济和文化方面融合起来，这对南方的开发和改变南方地区的落后状态以及对以后中国历史发展都作出了巨大的贡献。
北方和东北是匈奴、东胡的居住地区。战国时，赵国的武灵王曾攻破林胡、楼烦，设置云中郡和九原郡，并修筑了赵长城。战国末年，匈奴崛起于蒙古高原。匈奴族当时处于原始氏族社会末期家长奴役制阶段，是一个以掠夺为主的游牧民族,父兄过世,子弟可妻后母嫂，在中原华夏族看来，他们“逆天理，乱人伦，暴长虐老，以盗窃为务。”
《史记.卫青列传》匈奴部落联盟中已产生了第一个首领单于一一头曼，终常袭扰掠夺北方土地和人民财产。为了抵制匈奴袭扰，赵国曾派大将李牧率二十万大军驻守北方边境，多次大破匈奴。秦始皇灭赵时，赵国调回李牧及所带的边防军与秦作战，匈奴又乘机南下，夺取了九原郡。
秦始皇统一六国后，就派大将蒙恬驻守北边阻止匈奴的南下。公元前二一五年，秦始皇出巡北边，又派蒙恬率三十万大军进攻匈奴，百余里,胡人不敢南下而牧马”，夺回了河套地区及河套北阴山一带，设置了四十四县，重建了九原郡。为了进一步固巩北边边防，秦始皇又下令修筑“直道”，以加强对边境军队的支援，迁内地三万户移民到河北、榆中地区屯垦实边;并继续修筑长城，加强防御。
战国时，为防止匈奴、东胡骚扰，秦、魏、赵燕都已筑有长城。秦昭王时，也在陇西、北地、上郡筑了长城。秦始皇时则调发大批人力物力在秦、赵、燕原修长城的基础上，经过修葺、增补、新筑，把北方长城连接在一起。成了一条西起临洮，东至辽东的万里长城。成为屹立在秦王朝北方的屏障。
当时，人们把北方的匈奴称为“胡”。由于匈奴曾给秦王朝造成极大威胁，群众中流传“亡秦者胡也”的说法，所以秦始皇北击匈奴，修筑长城。又由于秦王朝是在秦二世胡亥时亡的，后来人们认为这个“胡”是指秦二世胡亥。
北击匈奴，徙移民实边，修筑长城，当时确实给人民带来严重的徭役负担。但是，站在历史发展角度来看，秦始皇这一系列措施，有力地遏止了匈奴的骚扰，促进了北方边境的开发和民族的融合，推动了北方地区经济、文化的发展。万里长城不但对保障内地人民的安定生活和生产起了积极作用，而且这一罕见的浩大工程，经过历代尤其是明代的修葺和重建，至今仍以其雄姿向世界展示着中华民族悠久的文明。
征服百越，平定匈奴，不但奠定了我国领土的基础，而且标志着我国统一的、多民族的封建国家的诞生。
