在朱元璋建立明朝之后就着手一系列措施，先是建立了中书省，但是为了稳固皇权就要把那些对自己有威胁的因素都排除，而内阁的产生就是其废除丞相的结果。
明朝内阁的出现就是为了解决皇帝在废除丞相后无法单独处理繁杂的政务，只对皇帝负责的内阁就能进一步加强君主集权，缓解皇权和百官之间的矛盾，稳定政治局面。
先是汤和告老还乡，皇帝十分开心给了他很多金银赏赐，但是那些一直在朝廷的功臣就让他十分猜忌。于是他就要废除中书省的存在，虽然下定了决定，但是还是假装和大臣商议，监察御史许士廉举双手赞成
>明朝内阁（明朝内阁首辅列表一览）
历朝制度，皆取时宜。况创制立法，既出圣裁，实为典要。但虑陛下日应万机，劳神太过。臣愚以为宜设三公府，以勋旧大臣为太师、太傅、太保，总率百僚庶务。其大权如封建、发兵、铨选、制礼作乐，则奏请裁决。其余常制，循制奉行，庶几臣下绝奸权之患，主上无烦剧之劳。
这一番话把朱元璋给开心得不行，这才是读书人啊！于是朱元璋秉着集天下之权的心理，直接从乡下招来几个宿儒和退休回家的官员，美其名曰“春夏秋冬四辅官”，其实只是养了一些白拿钱的宾客而已。
但是很快，四辅官这个方法就宣告失败了，于是朱元璋又仿照宋制设置了殿阁大学士，礼部尚书为华盖殿大学士，翰林学士为文员各大学士，检讨为武英殿大学士，典籍为东阁大学士，之后又召集学儒任文华殿大学士。
朱元璋用这些人初衷就不是和丞相一样参与国家大事，重权在手，而是不准他们参与平章军国事。
之后发生了空印案、郭桓案与李善长被杀都与朱元璋集权息息相关，以至于后来御史解缙为李善长辩诬，朱元璋无话可说，只能说“竟亦不罪”。
洪武二十五年，六十五岁的朱元璋迎来了人生最大的打击，他最得意的接班人朱标病死，年仅三十九岁。但是在伤痛之余他也要确认接班人，于是皇长孙朱允炆就成了人选。而为了让朱允炆没有绊脚石，那几个还在的功臣就成了朱元璋要针对的对象。
接下来就是一系列的惨案。虽然朱允炆做了皇帝，但是朱元璋如何也不会想到朱棣会成为造反的人，废了朱允炆。
而在朱棣上位后就任命了七个“秘书”，作为给自己“分担”的存在，但是很明显他们的下场不一，特别是解缙更是家喻户晓。
之后逐渐发展，到了万历时期，内阁正式形成。
嘉靖十六年，嘉靖让人修造内阁办事处，
内阁的内部组织机构主要为殿阁、制敕房、诰敕房。其中殿阁是指华盖殿、武英殿、文华殿、谨身殿以及文渊阁、东阁。制敕房与诰敕房是殿阁的辅助性机构，主要掌管诏册、制诰等文书工作。随着内阁权力的不断扩大它的规模也越来越大，当然内部也会形成一系列规则。
细枝末节的比如内阁大臣的座次、内阁禁地的规定、内阁大学士与中书舍人的关系等。
当然内阁的成员主要还是大学士，经过皇帝亲自提拔或者是九卿会同六科十三道廷推阁臣的方式来确认。但是大学士的人数并不是固定的，多的时候有12人，最少的时候就只有一个人。首辅就是阁臣中实权最高的一人，到了明朝中后期皇帝都基本不上朝之后，政务的处理就依赖内阁，所以内阁首辅的地位可见一斑。
嘉靖十七年，嘉靖命詹事府事太子太保礼部尚书顾鼎臣兼文渊阁大学四，入内阁理事。二十二年，一代权臣严嵩入阁，二十五年接任首辅之位。
不过内阁也因为只是辅助皇帝的一个机构，如果皇帝出现宠幸宦官的局面，那么内阁就会处于劣势，国家出现宦官专权。
