大蒙古国的统治制度在成吉思汗灭克烈之后就开始建立，建国后进一步完善。主要有以下几项：一是千户制。全国百姓（游牧民）统一按十进制编组，分千户、百户、十户三级，共划分为九十五个千户，并划定各千户的牧地范围，分别授予建国有功的贵族和那可儿们世袭管领，封他们为千户那颜。千户的编组原则，一种是那些始终忠诚地联合或附庸于成吉思汗的部落首领（如弘吉剌、亦乞列思等姻族，兀鲁、忙兀、八邻等尼鲁温蒙古部落），或主动归附者（如汪古部的阿剌兀思惕吉忽里、斡亦剌部的忽都合别乞），均获准仍“统其国族”（即本部人民），但需按统一编制组成若干千户；少数功勋卓著的那可儿（如木华黎）也被允许收集业已分散的本部落人民组成千户。
>兀鲁思（兀鲁思是什么意思）
另一种是由不同部落的人民混合组成的，如泰赤乌、蔑儿乞、塔塔儿、克烈、乃蛮等人数众多的大部，在被征服后，其部民都被“分与了众伴当”，加上这些伴当（那可儿）们在战争中各自“收集”（掳掠）来的人口，编组为千户。前一类只占少数，后一类是多数、千户体制既是大蒙古国的军事单位，同时也是地方行政单位，完全取代了旧时代的氏族部落组织。千户百户那颜是大汗任命的军事和行政长官，如有过失或不忠诚，大汗可将他们治罪，剥夺其职务，另授予他人。全国百姓都是成吉思汗皇家的臣民，他们被划归各千户“著籍应役”，在指定的牧地范围内游牧，不得擅离所部。在千户之上设左右翼两个万户，为最高统兵官，所有千户（除分给诸子弟者外）部分属这两个万户。二是怯薛机构。1204年与乃蛮作战之前，成吉思汗着手“整顿军马”，在原有怯薛组织的基础上建立了一支护卫军，包括八十名宿卫（客卜帖兀勒，Kebte’ul），七十名散班（土儿合兀惕，又译秃鲁花，Turqa’ut），四百名箭筒士（火儿赤，qorchi）。建国后，将护卫军扩充为一万名，包括箭筒士一千名，宿卫一千名，散班八千名，散班从千户、百户、十户官员和白身人（都里因古温，duri-yingu’un）的儿子中挑选有技能、身体健壮者充当；千户之子可带伴当（随从）十人，百户之子伴当五人，十户及白身人之子伴当三人。各级那颜必须遵令将自己的儿子送到成吉思汗身边服役，不得躲避或以他人代充。这显然含有征调掌管兵民的那颜子弟入质，以便更有效地控制他们的意义，所以元人又将秃鲁花译为“质子军”。护卫军的职责是守卫大汗金帐和分管汗廷的各种事务。规定宿卫值夜班，箭筒士和散班值日班，各分四队，轮番入值，每番三昼夜，故总称为“四怯薛”。护卫军还是由大汗直接掌握的最精锐的部队，凭此足以“制轻重之势”（《元史·兵志》），故又称为大中军。成吉思汗任命最亲信的那可儿博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温（四骏、四杰）四家子弟世袭担任四怯薛之长。怯薛职务的分工有火儿赤（qorchi，佩弓矢者）、云都赤（ulduchi，带刀者）、札里赤（jarliqchi，书写圣旨者）、必阇赤（bichigchi，书记）、博尔赤（ba’urchi，厨子）、速古儿赤（sugurchi，尚供衣服者）、昔宝赤（siba’uchi，掌鹰者）等十多种。诸怯薛执事官作为大汗的侍从近臣，地位在外任千户那颜之上。怯薛不仅是大汗的亲卫军和宫廷（王室）事务机构，而且具有政府的职能，在大蒙古国的军政事务中发挥了很大作用。
三是设置大断事官。成吉思汗建国前，曾命异母弟别里古台担任断事官（札鲁忽赤，jarquci），“整治外头的事”，审断斗殴、偷盗、诈伪等事件。1206年建国时，任命养弟失吉忽秃忽为最高断事官（大断事官），主持分封民户和惩治盗贼、诈伪等事，把分配给宗室诸王和划归各千户的民户数、判决的案件，都记在青册（kokodebter）上，任何人不许更改。大断事官就是大蒙古国中央的司法行政长官，所以被称为“国相”，后来汉人就把失吉忽秃忽（又译胡土虎）称为胡丞相。直到元世祖初年，大断事官一直保持着中央最高行政官（丞相）的地位。在他之下设有许多僚属，组成断事官机构。诸王也各置断事官管理本部百姓。
四是制定札撒。札撒（jasaq）就是“命令”、“法令”的意思。古代蒙古人中有许多“古来的约孙”（yosun，意为道理、规矩、缘故，元代通常译为“体例”），它包含了长期历史过程中形成的种种社会习惯和行为规范。当贵族（那颜）成了统治者，他们就可以对部人发号施令，于是就有了札撒。在各部贵族激烈地相互攻战、兼并，争夺蒙古高原霸权的时代，旧的社会秩序日益崩坏，“子不从父教，弟不听兄言，夫不信其妻，妻不顺其夫，长不护其幼，幼不奉其老慢视约孙，不遵札撒，以致犯上作乱，欺窃风行，盗贼不宁”，因此，成吉思汗深知要绥服嚣嚣众民，必须“用极严厉的札撒来建立秩序，智者勇者使为统将，捷者巧者使掌后营（奥鲁，a’uruq），愚者贱者亦授以执鞭之役，遣就畜牧”，使人们各得其所，各安其位。建国前后，他颁布了一系列法令和训言（必里克，bilik）。在1219年西征前举行的大聚会上，又“重新确定了训言、法令和古来的体制”，下令全部写在纸卷上，编定为《大札撒》。
后来每当新大汗即位，或诸王朝会共议国家大事，都要先捧出《大札撒》诵读，遵照其中的有关条文行事。元人说：“凡大宴，世臣掌金匮之书，必陈祖宗《大札撒》以为训。”《大札撒》是大蒙古国的法典，原书虽已失传，但中外史籍保留了它的许多条款，如那颜们除君主外不得投靠他人，不得擅离职守，违者死；构乱皇室，挑拨是非，助此反彼者处死；收留逃奴不归还其主者死；盗人牲畜者九倍偿还，不能偿还者以子女作抵。此外还有许多保护草扬、水源、马匹以及宰杀牲畜方法的规定等等。
五是分封子弟。成吉思汗统一蒙古高原后，原来分别隶属各部贵族的所有“有毡帐的百姓”，都成了他的“黄金家族”的臣民和产业，在编组为九十五千户之后，他按照蒙古社会家产分配的体例，给诸子、诸弟和母亲月伦太后各分配一“份子”（忽必）百姓。《元朝秘史》和《史集》记载的子弟分民（分军）数差别较大：两书记载何以歧异，还难于求得确当的解释。《元史·博罗欢传》载：“昔太祖分封东诸侯，其地与户以二十为率，乃颜得其九，忙兀、兀鲁、札剌儿、弘吉剌、亦乞烈思五诸侯得其十一。”按五诸侯所部蒙古民共13000户，如斡赤斤（乃颜先祖）分民为10000户，则适成十一比九（56％比44％），可见赐蒙古百姓3000户分民数应是可信的。但《史集》的记载系根据“经过研究后的可靠材料”以及《金册》（Altandebter）的记录，其准确性也无可怀疑。
成吉思汗给诸子、诸弟划定了封地范围。诸弟封在蒙古东部，称为“东道诸王”。合撒儿——阔连海子（呼伦湖）和海剌儿河之北，也里古纳河流域；与斡赤斤封地相近。合赤温子按赤台——金边墙附近，合兰真沙陀与兀鲁灰河（今东乌珠穆沁旗乌里勒吉河）地区。斡赤斤——蒙古最东部，捕鱼儿海（贝尔湖）哈剌哈河流域至海刺儿河之地。别里古台——斡难河与怯绿连河中游一带。术赤、察合台、窝阔台三家封地都在阿勒台山之西，称为“西道诸王”。拖雷“幼子守产”，继承成吉思汗四大斡耳朵和国之中心蒙古本土之地。术赤于1218年领兵征服吉利吉思至亦必儿，失必儿等部，即以其地授之，后来复授以也儿的石河以西，包括花剌子模至不里阿耳，以及这个方面马蹄所至之地，而吉利吉思地区则授予拖雷家。察合台封地为畏兀儿以西、伊犁河、楚河、塔剌思河流域、原哈刺鲁与西辽之地，以阿力麻里为其统治中心。窝阔台所封为阿勒台山原乃蛮之地及叶迷立、霍博等处，以叶迷立为其统治中心。诸宗王封地系游牧地区，所征服的定居地区则作为黄金家族的共有财产，由大汗政府管辖。
子弟分封与千户那颜的封授性质不同，后者只是国家的地方军政长官，成吉思汗“黄金家族”才是真正的主子。各支宗王所得的分民（忽必亦儿竖）即为各自的家产，管领这些百姓的千户那颜也成为他们的家臣。拥有分民和封地的各支宗王，即建立了各自的“兀鲁思”——大蒙古国之内的“宗藩之国”。诸藩王（汗）奉大汗为宗主，其后王继立需得到大汗的认可，同时他们也拥有共同推举大汗、参与大兀鲁思重大事务的议决及享受共有财产一份子的权利。
六是创制文字。蒙古人起初没有文字，“凡发命令，遣使往来，止是刻指以记之”（《蒙鞑备录》）。成吉思汗建国前后，逐渐采用了畏兀儿字母来书写蒙古语，创制了畏兀儿字蒙古文。《元史·塔塔统阿传》记载，成吉思汗灭乃蛮时，俘虏乃蛮的掌印官塔塔统阿，见他怀抱金印，问此何用，回答说：“出纳钱谷，委任人材，一切事皆用之，以为信验耳。”成吉思汗知他深通文字，就命他教子弟学习。除乃蛮人外，克烈人可能也有懂得和使用畏兀儿文的，他们在蒙古文字创制中也起了作用。后来更有许多畏兀儿人成了蒙古诸王贵族的书记官和教师。有了文字，才可能记录表册，编定《大札撒》，发布命令，制作印玺，编纂史书（《元朝秘史》）。蒙古族的文化从此有了划时代的发展。
