中国古代在边疆地区会设置一些军事职能为主的机构，例如汉朝有都护府和长史府、辽国有招讨司、元朝有元帅府、明朝有都司、清朝有将军府等。这些机构虽然表面上都是军事机构，但是具体的差异还是很大的。
首先来说说都护府、长史府和都督府。都护府最早出现于西汉时期。前108年，西汉击败楼兰、车师、大宛后，在轮台、渠犁驻兵屯田，建立了“使者校尉”，该官职主要是管理西域的屯田。到了前60年，开始设置西域都护府。都护府之下有副校尉、丞、司马、侯、千人等。
根据这些官员的具体职能，我们可以推断出西域都护府主要有三大职能。一是管理汉朝在西域的军队；二是负责屯田等活动；三是协调西域各国关系，征调各国军队。因此，西域都护府类似于现在所谓的军事基地，是汉朝在西域的军事据点。通过这些军事据点，汉朝可以实现对西域各国的武力控制，也就是所谓的“汉之号令班西域矣”。
>单于都护府（单于都护府怎么读）
到了东汉时期，汉朝对西域的控制力减弱了，于是将都护府改为了长史府。和都护府相比，长史府的职能主要有三点变化。第一，军事职能削弱，外交职能提高。长史府主要的功能就是协调、组织西域各国来对付匈奴，或者联络汉朝和西域各国关系。这里的长史就是一种外交官员。第二，长史府的地位下降。过去的长史只是都护府之下的属官。第三，中央方面给予长史更多的自主权，但是对长史府的援助也大量减少，相当于不管不问。
东汉时期西域长史府因为有过去西域都护府的基础，因此还能够继续领导西域各国。但是到了魏晋时期，西域各国就不再听从号令，其长史府的控制范围仅限于高昌一带。当然，中原王朝长期在高昌一带屯田，也为后来在此地设置郡县奠定了基础。从东汉到隋唐、明清，高昌一带一直是中原地区进入西域的重要跳板。
唐朝时期，又在重新在边疆地区设置了都护府，主要有安西、北庭、单于、安东、安南、安北（瀚海）、濛池、昆凌、金山等都护府，其中安北、濛池、昆凌是名义上册封给臣服于唐朝的回纥、突厥等部族，并未实际上驻扎军队。而安西、北庭、单于、安东、安南都护府的都护均由汉人担任，并且有唐朝的大军驻扎。
唐朝还有都督府。在唐朝初期，都督府是地方一级行政机构。627年行政区划调整后，都督府成为了临时的军事机构，也就是总管府，或者是行军总管府。将领在出征时候被临时任命为行军大总管或者都督，带领军队出征。后来，都督府演变为了都护府的下级机构。但是都督府基本上都是册封给游牧民族部落，如契丹为松漠都督府、奚为饶乐都督府等，所以唐朝边疆经常发生都督府的“叛变”，也就非常政策了。
辽国是契丹族建立的王朝，因此对游牧民族的管理非常有效。辽国在全国设置了西南路﹑西北路招讨司和西路招讨使司。招讨司之下又设立多个州军。如果说招讨司类似于唐朝的都护府，那么军就类似于都督府。不同的是，辽国的军不是册封给地方游牧部落，而是真真实实的军队。因此，辽国的地方很少出现游牧民族叛变。后来，辽国的这种制度也被金国继承。
元朝时期，在边疆地区设置了都元帅府，类似于过去的都护府。都元帅府原本是辽国北面军官署，在金国发展成为了全国最高军事机构，后期被枢密院取代。元朝建立后，在边疆设置都元帅府，主要负责镇守地方，著名的有征东元帅府，镇守黑龙江流域。
明朝时期，地方的行省被分为了布政使司、都司和按察使司三部分，分别负责行政、军事、监察。明朝，每个实际控制的地区必然设置都司，但是不一定会设置布政使司。如辽东、贵州（初期）等地就没有设置布政使司，但是有都司。都司并非专门的边疆军事机构，而是统一的地方军事机构，类似于秦汉的郡尉、唐朝的折冲府等。
明朝设置在边疆地区最有名的都司是奴儿干都司，但是仅仅存在了25年。而乌斯藏都司、朵甘都司等都只是名义上册封给了藏区的高僧，并未实际上设置。都司之下，有卫所。明朝的卫所也是遍布全国，分布密集，说明对地方的控制严格紧密。不过需要注意的是，在东北和西北的许多卫所也是册封给当地的部落，如辽东边墙之外的卫所可以直接理解为部落，主要是女真部落；嘉峪关以西的7个卫所都是册封给了蒙古部落。明朝并未在这些卫所驻扎一兵一卒。
从汉唐的都护府到明朝的都司，中央王朝在边疆设置的这些军事机构，基本是都是类似于军事据点、军事基地的性质，并未在行政上管理当地的部落，甚至直接册封给当地部落。因此，这种管理方式是比较落后的。这种局面的改变是在清朝。
清朝在全国设置了14个将军府，负责地方的军事，类似于明朝的都司。其中，黑龙江、吉林、盛京、乌里雅苏台、绥远、伊犁六大将军府位于边疆地区。但是这六大将军府的职能和汉地十八省的将军府又有很大的区别。内地的将军府只负责军事，边疆的将军府却兼备行政功能。
每个将军府之下还设置了衙门，如乌里雅苏台将军之下设置了内阁衙门、户部衙门、兵部衙门、理藩院衙门，衙门中驻扎有中央派来的大臣。其中内阁衙门和户部衙门就负责管理边疆地区的行政，包括赋税、户口、教育等。这说明，边疆的将军府是一个军事和行政合二为一的机构。
在西藏和青海地区又比较特别。西藏和青海没有设置将军府，但是设置有衙门，派遣了驻藏大臣和西宁办事大臣，而青海的西藏的军队就有大臣负责调遣。青藏地区地广人稀，因此没必要设置将军府，这样能够符合实际情况。
不过，清朝的将军府只是兼备行政职能，而且军事职能依然占据主导，因此，其缺陷也比较明显。因此，到了清朝后期，在边疆危机日益严重的情况下，清朝开始撤销将军府，在边疆地区设置了黑龙江、吉林、盛京、新疆三省。而内蒙古和外蒙古，还未设省，清朝就已经灭亡。
