当东蒙古人归顺以后，企图复辟成吉思汗帝国的西蒙古人成了清朝最大的敌人。以卫拉特人为主的西蒙古人在15世纪时再度活跃起来，他们在1434年至1552年间统治着整个蒙古地区，但后来被东蒙古的阿勒坦汗赶到科布多甚至更西的地区。
西蒙古人有四个主要的联邦民族：绰罗斯部、杜尔伯特部、土尔扈特部与和硕特部。这四个部落在政治上毫无联系，但他们都是准噶尔人，都团结在杜尔本?卫拉特的“四联盟”之下。17世纪初，在阿勒坦汗率领的喀尔喀人的压力下，这四个部落一个推着一个逐渐西移，导致了各民族的大转移。在此过程中，土尔扈特部首领和鄂尔勒克放弃了准噶尔地区，一路向西。在排除万难之后，他们于1623年在伏尔加河下游定居下来。
1643年，当和鄂尔勒克将部分牧民迁徙到阿斯特拉罕时，遭到了当地居民的抵抗，他本人在战斗中身亡。
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虽然遭受了沉重的打击，土尔扈特人依然统治着伏尔加河河口的里海北部草原。他们一边侵占土库曼人的领地，一边承认俄国的宗主权，以寻求庇护。在俄国人的帮助下，土尔扈特汗国繁荣昌盛。
到1770年，该汗国的疆域南北在乌拉尔河到顿河之间，东西在察里津到高加索之间的方形区域。后来，由于与俄国关系恶化，土尔扈特人七万户于1771年1月5日开始东迁。他们渡过乌拉尔河，穿过图尔盖，冲破小帐人和吉尔吉斯--哈萨克人的阻挠，逃脱喀喇吉尔吉斯人的攻击，最终抵达伊犁河谷。清朝政府热烈欢迎土尔扈特人的回归，给予他们安置和给养。
在17世纪的最初25年间，和硕特部在喀尔喀人的压力下，西迁至额尔齐斯河畔、斋桑湖周围，并在此安营扎寨，其统治领域一直延伸到雅米谢威斯克。1620年，和硕特部的首领拜巴噶斯虔诚地信仰西藏黄派喇嘛教。1636年，其弟顾实汗在青海周围和柴达木开辟了自己的领地。顾实汗通过两次战争，彻底解除了红教喇嘛对黄教喇嘛的威胁，并开始统治西藏，北京宫廷称他为“西藏的可汗”。在此后相当长的一段时间里，顾实汗的继承者们都是黄教的忠诚保卫者。
黄教在中亚和远东事务中的重要性，以及和硕特部首领们的崇高地位，让绰罗斯部十分眼红。1717年，绰罗斯部向西藏进军。拉藏汗在抵抗了三个月后，最终因兵力悬殊而退往拉萨。12月2日，绰罗斯部首领大策凌敦多布占领拉萨，拉藏汗被乱军杀害。于是，元气大伤的和硕特部结束了对西藏的保护权。
随后，在土尔扈特部迁到里海以北，和硕特部迁到青海地区时，绰罗斯人与跟随他们的杜尔伯特部同盟者及辉特人却选择定居在塔尔巴哈台周围，即黑额尔齐斯河、乌伦古河、叶密立河以及伊犁河流域，并在此建立了准噶尔国。哈喇忽剌是准噶尔的第一位统治者，他把绰罗斯部民团结在一起，他于1634年去世。哈喇忽剌的儿子巴图尔洪台吉继承了王位，并在和布克赛尔修建了一座都城。他成功地对突厥斯坦和伊犁河地区的吉尔吉斯--哈萨克人发起了几次远征。
1653年，巴图尔洪台吉去世，其子僧格夺取了王位。1671年，僧格被自己的两个兄弟杀害，并由二人中的车臣汗夺得王位。1676年，巴图尔洪台吉的四子噶尔丹从拉萨回国，在和硕特汗和鄂齐尔图的支持下，杀死车臣汗，赶走他的另一位兄弟，并被绰罗斯人推举为准噶尔部的宗主。1677年，刚稳固统治的噶尔丹与鄂齐尔图兵戎相见，鄂齐尔图兵败被杀。此时，准噶尔的统治进一步巩固，其领地从伊犁河延伸到科尔多以南，噶尔丹也成为一位卓越的君主。
1671年，噶尔丹开始征服中亚，喀什噶尔是第一站。他利用察合台汗伊斯迈尔和白山派的阿巴克和卓的争斗，轻易占领了喀什噶尔，将它纳入准噶尔的保护之下。野心勃勃的噶尔丹试图恢复成吉思汗国的强大。至1690年，他已将四个喀尔喀汗纳为自己的属臣，他征服了喀尔喀全境。从此，准噶尔帝国的疆域从伊犁河一直延伸到贝尔湖。噶尔丹甚至沿着库伦--张家口之路，冒险向内蒙古进军。
