股权收购，是指一家企业(以下称为收购企业)购买另一家企业(以下称为被收购企业)的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
股权收购的涉税处理中，最核心的就是各方取得新股权(资产)计税基础的确认问题。
股权收购是企业重组的形式之一，交易过程中企业所得税涉税处理遵循财税【2009】59号文(以下简称59号文)等文件的相关规定。具体见下图：
59号文中有关股权收购交易资产计税基础的确定规则基本借鉴了美国现行并购重组税制的规则，将交易资产计税基础的确定分为两块：一是应税重组(一般性税务处理)的资产计税基础确定;二是免税重组(特殊性税务处理)的资产计税基础确定。
在此基础上，59号文规定一般性税务处理(应税重组)适用公允价值计量规则，特殊性税务重组(免税重组)适用计税基础替代规则和计税基础转移规则，如下图。
一般性税务重组计税基础的确定规则及原理分析
采取一般性税务重组的，59号文第四条第三项规定：被收购方应确认股权、资产转让所得或损失;收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
59号文对此类业务计税基础的确定采取的是建立在企业所得税对等原则基础上的公允价值计量规则：在交易发生时交易双方确认资产转让所得或损失，发生权属转移的资产按照交易价格(公允价值)重新确认计税基础。
对于收购方来说，因为收购标的股权时已按公允价值支付对价，且转让方也将标的股权按公允价值计入收入总额并确认所得或损失，该股权的内含增值(或贬值)已经实现，故这时应调整该股权的计税基础。根据企业所得税对等原理，应将标的股权原计税基础加上确认的所得(或减除损失)即公允价值作为收购方取得该股权时的计税基础，这样以后出售该股权时才不会重复征税。
对于转让方也是如此，如果收购方以非货币性资产作为支付对价，因为该资产是转让方出让股权的对价，出让收入已按公允价量确认和计量，且收购方也将该资产按公允价值计入收入总额并确认所得损失，按照企业所得税对等原理，转让方也应以公允价值作为取得该资产的计税基础，这样以后出售该资产时才不会重复征税。
【例1】a公司是a公司的100%的控股股东，所持a公司全部股权的账面价值(等于计税基础)为300万元，公允价值500万元;b公司是b公司的100%的控股股东，所持b公司全部股权的账面价值(等于计税基础)为400万元，公允价值500万元。经协商一致，a公司拟收购b公司持有的b公司100%股权，并将其持有的a公司100%的股权作为支付对价。假定双方选择一般性税务处理。另假设未来某一时点，a公司和b公司分别将持有的b公司和a公司的股权全部对外转让，转让价均为500万元。
(1)a在交易中确认资产转让所得200万元(500-300)，b取得的a公司股份的计税基础按照公允价值确定，即500万元(300+200)。b以后出售该股份时，假定公允价值并无变化，则确认应税所得0万元(500-500)，不会导致重复征税;
(2)b在交易中确认资产转让所得100万元(500-400)，a取得的b公司股权的计税基础按照公允价值确定，即500万元(400+100)，如果a以后出售该股权，假定其公允价值并无变化，则确认应税所得0万元(500-500)，不会导致重复征税。
特殊性税务重组计税基础的确定规则及原理分析
采取特殊性税务重组的，59号文第六条规定：被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定;收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
59号文对此类业务计税基础的确定采取的是计税基础替代规则和计税基础转移规则。
(1)所谓计税基础转移规则，是指收购方在收购过程中获得股权的计税基础应当等于该股权在转让方手中时的计税基础加上转让方确认的所得(即该股权的公允价值)。
公式如下：
收购企业取得被收购企业股权的计税基础=被收购企业股权的原计税基础+转让方确认的所得
此规则实质上还是遵循公允价值规则，只不过在免税重组中转让方确认的所得可能为零，因此，该股权在转让方的原计税基础就像原封不动转移到收购方一样，这正是计税基础转移理论的来源，59号文表述为收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
(2)所谓计税基础替代规则，是指一个免税股权收购交易对于目标企业或其股东(转让方)而言，其重组的实质是在变化后的企业形态下股东利益的持续，因此，用出让股权的计税基础替代其取得的收购方新股权的计税基础。
该规则的原理在于：保证转让方取得收购方新股权(以下简称新股权)行为与转让方直接出售原股权(以下简称原股权)行为拥有相同的税负。因为基于等价交换原则，转让方取得新股权的公允价值等于出让的原股权的公允价值，这时假如取得的新股权的计税基础等于原股权的计税基础，那么转让方以后出售新股权与直接出售原股权的税收结果完全相同，就像转让方用出让股权的计税基础替代了取得的收购方股权的原计税基础一样。
替代规则下，转让方取得收购企业股权计税基础=换出股权的原计税基础+确认的收益-确认的损失-收到的非股权支付对价
如果股权收购符合特殊性税务重组，则上述公式简化为：
转让方取得收购企业股权的计税基础
=转让方出让股权的原计税基础+转让方确认的所得-转让方收到的非股权支付对价
继续对上面的公式进行推导，可以得出：
转让方取得收购企业股权的计税基础=转让方出让股权的原计税基础*股份支付比例
【具体推导过程如下：
转让方取得收购企业股权的计税基础
=转让方出让股权的原计税基础+转让方确认的所得-转让方收到的非股权支付对价
=转让方出让股权的原计税基础+(总对价-转让方出让股权的原计税基础)*非股权支付部分/总对价-转让方收到的非股权支付部分
=转让方出让股权的原计税基础+转让方收到的非股权支付部分-转让方出让股权的原计税基础*非股权支付部分/总对价-转让方收到的非股权支付部分
=转让方出让股权的原计税基础-转让方出让股权的原计税基础*非股权支付部分/总对价
=转让方出让股权的原计税基础*(1-非股权支付部分/总对价)
=转让方出让股权的原计税基础*股份支付比例】
【例2】品税阁公司用全资子公司a公司100%股权(公允价90万元，计税基础80万元)以及现金10万元为支付对价，收购乙公司全资子公司b公司100%股权(公允价100万元，计税基础50万元)。假设其他条件符合且双方选择适用企业所得税特殊性税务处理。则：
1、乙公司确认的所得=[(100-50]×(10/100)=5万
2、按照计税基础转移规则：
收购企业取得被收购企业股权的计税基础=被收购企业股权的原计税基础+转让方确认的所得。则：
品税阁公司取得b公司股权的计税基础=50+5=55万元
3、按照计税基础替代规则：
转让方取得收购企业股权的计税基础=转让方出让股权的原计税基础+转让方确认的所得-转让方收到的非股权支付对价=转让方出让股权的原计税基础*股份支付比例。则：
乙公司取得a公司股权的计税基础=50+5-10=50*90%=45万元。
上述税务处理结果是否正确，可以用我国资本交易税收专家姜新录老师的交易分解法进行验证：
第一步，品税阁公司收购乙公司持有的b公司10%股权，支付对价为10万元现金;
第二步，品税阁公司收购乙公司持有的b公司90%的股权，支付对价为其持有的a公司100%股权。
(1)第一步的税务处理：品税阁公司现金收购b公司10%股权，只能适用一般性税务处理。
乙公司应确认转让b公司10%股权的所得=(100-50)*10%=5万
品税阁公司应确认取得b公司10%股权的计税基础为10万元。
(2)第二步的税务处理：品税阁公司收购b公司90%股权，适用特殊性税务处理。
乙公司不确认b公司90%股权的转让所得。取得a公司100%股权支付的计税基础以原b公司90%股权计税基础确认，即为：50*90%=45万元
品税阁公司不确认a公司100%股权转让所得。确认取得b公司90%股权的计税基础以乙公司原持有b公司90%股权计税基础确认，即为：50*90%=45万元
(3)合并两步交易
乙公司应确认b公司100%股权的转让所得5万元，取得a公司100%股权支付的计税基础为45万元。
品税阁公司不确认a公司100%股权转让所得，确认取得b公司100%股权的计税基础为10+45=55万元。
